Tương tự như phần trước, Atelier Iris 2: The Azoth of Destiny có nhiều nhân vật có thể điều khiển được. Ba nhân vật ở trong đội cùng lúc, và người chơi có thể thay thế nhân vật trong trận bất cứ lúc nào.

Nhân vật chính

• Felt Blanchimont (フェルト・ブランシモン, Felt Blanchimont?): nhân vật chính của trò chơi, Felt là nhà giả kim trẻ tuổi, bạn thanh mai trúc mã của Viese.
• Viese Blanchimont (ヴィーゼ・ブランシモン, Viese Blanchimont?): bạn thanh mai trúc mã của Felt, cô chọn ở lại Eden để chế tạo đồ gửi cho Felt nơi phương xa.
• Noin (ノイン, Noin?): chiến binh trẻ tuổi, thành viên của Simsilt, và là đồng đội đầu tiên của Felt sau khi giải cứu cậu ở sa mạc. Cô cò mối thâm thù sâu sắc với chỉ huy Galahad của Đế quốc.
• Fee (フィー, Fee?): một cô gái mồ côi được Nhà thờ Altena cưu mang. Cô được giao nhiệm vụ phá hủy Azoth.
• Poe (ポウ, Poe?): tiểu tiên mê gái sống ở Eden, si tình Viese (và nhiều thiếu nữ khác).
• Gray (グレイ, Gray?): cựu hiệp sĩ diệt rồng có diện mạo giống như loài rồng, từng là con người, ông nổi tiếng là chiến binh quả cảm.

Nhân vật phụ

• Iris (イリス, Iris?): nhân vật tiêu đề của loạt trò chơi "Atelier Iris". Trong phần này cô là đứa trẻ bí ẩn được Viese nhận nuôi.
• Kreuz (クロイツ, Kreuz?): tổng giám mục của Đền Eden.
• Lutanus (ルテネス, Lutanus?): mana hệ bóng tối thông thái, cô là thủ thư của Đền Eden.
• Meila (メイラ, Meila?): cô gái tóc màu xanh lục, bạn của Felt và Viese.
• Klavia (歌姫クラウディア, Klavia?): mana hệ âm thanh nhút nhát, cô hiếm khi nói chuyện với người khác.
• Yacht (ヤッケ, Yacht?): chủ một cửa tiệm ở Noir, có mối liên hệ với Belkhyde.
• Melona (メローネ, Melona?): mana hệ ánh sáng mở của tiệm gần workshop của Viese và Felt.
• Coco (ココ, Coco?): mana hệ gió vụng về làm việc ở tiệm của Melona.
• Yuveria (ユーヴェリア, Yuveria?): người nhân tạo kêu gọi Felt đến Belkhyde.
• Mẹ Eizlen (エーゼリン, Mẹ Eizlen?): tổng giám mục của Nhà thờ Altena.
• Chaos (ケイオス, Chaos?): một trong những nhân vật phản diện của trò chơi và là người bảo hộ của Đế quốc.
• Galahad (ガラハド, Galahad?): người bảo hộ của Đế quốc và là cha của Noin.
• Tolena (トレーネ, Tolena?): người bảo hộ của Đế quốc, con gái của Theodore.
• Theodore (テオドール, Teodōru?): Quan chấp chính của Riesevelt và là lãnh đạo của Quân Xâm lược Silvaresta.
• Max (マックス, Max?): lãnh đạo của Lực lượng Kháng chiến Simsilt và là hoàng tử của Vương triều Slaith.
• Hagel (ハゲル, Hagel?): thợ rèn và là thành viên chủ chốt của Lực lượng Kháng chiến Simsilt.
• Mitsue (ミーツェ, Mitsue?): thương gia nhân miêu đến từ Làng Zwital, thích Poe.
• Theresa (テレッサ, Theresa?): nhà tạo mẫu của Grand City.
• The Azure Azoth (Elusmus) (深蒼のアゾット/エラスムス, The Azure Azoth (Elusmus)?): nhân vật tiêu đề của trò chơi và là vũ khí của Felt.
• The Crimson Azoth (Palaxius) (真紅のアゾット/パラケルスス, The Crimson Azoth (Palaxius)?): Azoth của Belkhyde, người sử dụng là Chaos.
• Rie: em gái quá cố của Chaos.

Mana

Tương tự như Atelier Iris, lực lượng cần thiết để thực hiện giả kim là mana và Atelier Iris 2 có số lượng mana nhiều hơn phần trước. Những mana và nguyên tố họ phụ trách bao gồm:

• Dour (木のマナ・ドゥル, Dour?): thực vật
• Zuvelk (金のマナ・ツヴェルク, Zuvelk?): kim loại
• Uru (火のマナ・ウル, Uru?): lửa
• Aroma: hương
• Plua (闇のマナ・プルーア, Plua?): bóng tối
• Diemia (岩のマナ・ディエメア, Diemia?): đá
• Nymph (水のマナ・ニンフ, Nymph?): nước
• Silwest (空のマナ・シルウェスト, Silwest?): khí
• Jiptus (毒のマナ・ジフトス, Jiptus?): độc
• Faustus (幻のマナ・ファウスタス, Faustus?): ảo ảnh
• Siren (音のマナ・サイレン, Siren?): âm thanh
• Aion (命のマナ・アイオン, Aion?): sự sống
• Eital (光のマナ・エイテル, Eital?): ánh sáng
• Lilith (無のマナ／原初マナ・リリス, Lilith?): Tạo hóa; tất cả mana đều là hậu duệ của bà.